Zu den spannendsten historischen Abhandlungen über die Zeit des Fürstbistums Basel gehört die Dissertation, die Marco Jorio 1981 vorgelegt hat: Der Untergang des Fürstbistums Basel (1792-1815). Der Kampf der beiden letzten Fürstbischöfe Joseph Sigismund von Roggenbach und Franz Xaver von Neveu gegen die Säkularisation. Freiburg i. Üe. 1983. Der folgende Abschnitt ist ein Auszug aus einem Referat von Marco Jorio, das 1991 als Sonderdruck erschien (Schriften des Vereins der Freunde des Domes zu Arlesheim Nr. 1, S. 11-13). Der Historiker Jorio ist heute Chefredaktor des Historischen Lexikons der Schweiz.
Das Fürstbistum im 18. Jahrhundert
Das geistliche Fürstentum sass rittlings auf der Jurakette. Es erstreckte sich vom Bielersee, wo es Anteil am Schweizer Mittelland hatte, zur Burgundischen Pforte und in die Oberrheinische Tiefebene. Sprachlich war das Land zweigeteilt: Die Mehrheit sprach französisch, deutsch waren nur die Ämter Zwingen, Pfeffingen, Birseck, Biel, das rechtsrheinische Schliengen und - für unsere Vorstellungen etwas merkwürdig - der fürstliche Hof in Pruntrut.
Nicht weniger kompliziert war die konfessionelle Situation: Der Süden war reformiert, der Norden und die deutschen Ämter katholisch. Trotz ihrer bischöflichen Würde pflegten die Fürsten eine Politik der Toleranz. So konnten sich in ihren Gebieten Juden und vertriebene Berner Täufer niederlassen.
Das Fürstbistum 1789 bis 1803 oder der Untergang in Raten
1789 regierte seit sieben Jahren Fürstbischof Joseph Sigismund von Roggenbach. Obwohl man ziemlich wenig weiss von ihm, ist er eine umstrittene Gestalt in der Geschichtsforschung. Die Zeitgenossen beurteilten ihn als gütig, fromm, der aber den Revolutionswirren nicht gewachsen war, und reichspatriotische Gesinnung zeigte. Die späteren Historiker, allen voran die Jurassier, verdammten ihn aber als dumm, dünkelhaft, unfähig und intrigant. Sicher weiss man von Roggenbach, dass er mehrere Reformen in seinem Staat durchgeführt hat: So konnte er die Schulden des Fürstbistums abbauen, liess neue Münzen prägen, reformierte die Volksschule, förderte die Hebammenausbildung und baute die Armenfürsorge aus.
Mit dem Ausbruch der französischen Revolution brauten sich dunkle Gewitterwolken über dem Fürstbistum zusammen. Wegen seiner exponierten Lage bekam das Fürstbistum die Auswirkungen des Umbruchs in Frankreich sofort zu spüren. Als 1789 die französische Nationalversammlung alle Feudalrechte aufhob, verloren der Fürstbischof und das Domkapitel sämtliche Einkünfte aus dem Elsass. 1790 wurde das Elsass kirchlich von der Diözese Basel abgetrennt und dem neuen konstitutionellen Bistum Colmar unterstellt. Damit verlor der Fürstbischof den grössten Teil seiner Diözese und seiner Einkünfte.
1790 brachen im Fürstbistum Unruhen aus. Anführer war der zweite Mann in Staat und Kirche: Weihbischof, Domscholaster und Offizial Johann Baptist Gobel sowie dessen Neffe Joseph-Antoine Rengguer, Hofrat, Geheimratssekretär und Syndikus der Landstände. Die treibende Kraft war aber Gobel, der vom Fürstbischof schon vor der Revolution kaltgestellt worden war, weil er versucht hatte, für sich im Elsass ein eigenes Bistum zu errichten. 1789 wählte ihn der Elsässer Klerus zu seinem Abgeordneten in den Generalständen. Gobel schloss sich den Jakobinern an und wurde 1791 konstitutioneller Erzbischof von Paris. Er endete 1794 tragisch unter der Guillotine.
1790 bildeten sich im Fürstbistum die ersten revolutionären Klubs. Sie stellten einen Forderungskatalog auf, der u.a. die Einberufung der Landstände verlangte. Nachdem aber sowohl Frankreich wie auch Bern, Basel und Solothurn das Gesuch des Fürstbischofs um Truppenhilfe zur Niederschlagung der revolutionären Umtriebe abgelehnt hallen, sandte Roggenbach den Domherrn Johann Heinrich von Ligerz nach Wien. Kaiser Leopold II. bewilligte dem bedrängten Fürstbischof österreichische Truppen, die in den folgenden Wochen vom Breisgau her über Basler Gebiet in Pruntrut einmarschierten. Die Österreicher schlugen den Aufstand nieder, einige Revolutionäre wurden eingekerkert und die Verwaltung von unzuverlässigen Beamten gesäubert. Unter österreichischem Truppenschutz wurden am 16. Mai 1791 die Landstände eröffnet, die sich nach den Säuberungen als gefügiges Instrument des Fürstbischofs erwiesen.
Am 20. April 1792 erklärte Frankreich dem Kaiser den Krieg. Gemäss Allianzvertrag von 1780 marschierten sofort französische Truppen ins Reichsgebiet des Fürstbistums Basel ein und besetzten am 28. April die Pässe im Norden. Am 27. April gegen Mitternacht verliessen der Fürstbischof und sein Hof Pruntrut und flohen zunächst nach Biel. Von hier aus versuchten sie, von der Tagsatzung in Frauenfeld und den eidgenössischen Ständen den Einschluss des gesamten Fürstbistums in die helvetische Neutralität zu erreichen. Ihre Bemühungen waren vergeblich: Die Schweiz war zu schwach und zu zerstritten. Besonders Zürich und Basel wollten keine Risiken eingehen und Frankreich nicht herausfordern. Schliesslich wurde wie in den früheren Kriegen nur der südliche Teil des Fürstbistums (eingeschlossen Bellelay und Moutier) in die helvetische Neutralität eingeschlossen.
Im Norden besetzten die französischen Truppen das ganze Land und begünstigten die revolutionär gesinnten Patrioten. Bis Ende 1792 gelang es aber dem Fürstbischof mit Hilfe eines Regentschaftsrates in Pruntrut, den Norden von Biel aus mehr schlecht als recht zu regieren. Doch nach dem Tuilleriensturm im August 1792 radikalisierte sich die Stimmung in Frankreich, und im November 1792 proklamierten die einheimischen Revolutionäre mit französischer Rückendeckung die Absetzung des Fürstbischofs und riefen die Raurachische Republik aus. Der Pariser Erzbischof und frühere Basler Weihbischof Gobel traf als Beauftragter der französischen Regierung in Pruntrut ein und führte den Umsturz durch.
Damit hatte der Fürstbischof den Norden seines Landes verloren. Nach dem Umsturz floh er mit seinem verbliebenen Hof nach Konstanz unter kaiserlichen Schutz und setzte für die Verwaltung der südlichen Ämter einen Regentschaftsrat in Pieterlen unter Samuel Imer, dem Landvogt im Erguel, ein. Trotz der ebenfalls ausgebrochenen Unruhen im Erguel gelang es dem fürstbischöflichen Statthalter, die Verwaltung in den südlichen, schweizerischen Gebieten des Fürstbistums bis 1797 weiterzuführen.